Rio San Juan est l'un des plus jeunes villages de la région: il a célébré ses 50 ans en 2010.
Sa position géographique favorable à la pêche a favorisé son essor. Il a connu un réel développement urbain à partir des années 80. Depuis les années 90, quelques français s'y sont installés. Ils sont environ 200 et ont développé plusieurs projets dont une école française, l'école française de la Costa Verde.
